SMA Negeri 9 Raja Ampat didirikan tanggal 14 Juli 2009 hingga saat ini sekolah ini sudah menamatkan siswa 225 siswa dari 305 siswa yang terdaftar di SMA Negeri 9 Raja Ampat. Hingga Tahun 2022 angkatan ke 11 dengan tamatan sebanyak 20 siswa. dari jumlah siswa tahun pelajaran 2021/2022 berjumlah 99 siswa.. Ada 2 program studi yaitu MIA dan IPS pada sekolah tersebut. Sebagai besar siswayang masuk di SMA N 9 Raja Ampat berasal dari sekolah sekolah yang berada di lingkungan kepualan Ayau yaitu SMP N 8 Raja Ampat dan SMP N 24 Raja Ampat yang berada di dalam distrik tersebut. jumlah tenaga pengajar masih sangat kurang dimana jumlah guru tetap 5 guru dan guru honor sekolah yang dibiayai dari dana BOS sebanyak 6 orang. harapan kami kedepan pemerintah menyeratakan jumlah guru yang mengajar di kota dan di daerah 3T seperti ini.