SMA Negeri 9 Raja Ampat didirikan tanggal 14 Juli 2009 hingga saat ini sekolah ini sudah menamatkan siswa 325 siswa dari 513 siswa yang terdaftar di SMA Negeri 9 Raja Ampat. Hingga Tahun 2026 angkatan ke 15 dengan tamatan sebanyak 37 siswa. dari jumlah siswa tahun pelajaran 2025-2026  berjumlah 108 siswa.. Ada 2 program studi yaitu A1 dan A3 pada sekolah tersebut. Sebagai besar siswa yang masuk di SMA Negeri  9 Raja Ampat berasal dari sekolah sekolah yang berada di lingkungan kepualan Ayau yaitu SMP N 8 Raja Ampat dan SMP N 24 Raja Ampat yang berada di dalam distrik tersebut. jumlah tenaga pengajar masih sangat kurang dimana jumlah guru ASN sebanyak 2 , guru PPPK sebanyak 5 dan guru honor sekolah yang dibiayai dari dana BOS sebanyak 6 orang.Masih diperlukan guru mata pelajaran Fisika dan Geografi serta mata pelajaran Seni dan Budaya. Sebagian besar Guru sudah mengikuti PPG